This is an alternative question in which the speaker offers the hearer a choice: Ｎ1 or Ｎ2.
A: これは ペンですか、えんぴつですか。
Is this a pen or a pencil?
B: それは ペンです。
That is a pen.
A: それは じどうしゃの かぎですか、じてんしゃの かぎですか。
Is that a car key or a bicycle key?
B: これは じてんしゃの かぎです。
This is a bicycle key.