В этом диалоге представлен вопрос с отрицанием и ответ на него. はい подтверждает правильность сказанного собеседником. Поэтому для подтверждения предположения, выраженного собеседником в отрицательной форме, следует использовать はい перед отрицательным утверждением. Это правило справедливо для предложений вида V, Aい, Aな и N. Заметим, что в русском в аналогичных примерах ответ будет начинаться со слова «нет».
A: アリさんは いませんか。
Али здесь нет?
B: はい、アリさんは いません。
Нет, Али здесь нет.
A: なつ休みは みじかく ないですか。
Не слишком ли короткие летние каникулы?
B: はい、みじかく ないです。
Нет, не короткие.
A: あしたは 休みでは ありませんか。
Завтра разве не выходной?
B: はい、あしたは 休みでは ありません。
Нет, завтра не выходной.