У этой конструкции есть сходство с непрямой речью (Урок 12-7) в том, что мысли говорящего представлены простой формой глагола, за которой следует と.
(わたしは)きのう 小林さんは がっこうを 休んだと おもいます。
Думаю, что Кобаяси не было вчера в школе.
(わたしは)きのう 小林さんは がっこうへ 行かなかったと おもいます。
Думаю, что Кобаяси не ходил вчера в школу.
(わたしは)きのうの テストは やさしかったと おもいます。
Думаю, что вчерашний тест был лёгким.
(わたしは)きのうの テストは むずかしくなかったと おもいます。
Думаю, что вчерашний тест не был лёгким.
(わたしは)小林さんは ずっと 元気だったと おもいます。
Думаю, что Кобаяси все это время был здоров.
(わたしは)小林さんは びょうきでは なかったと おもいます。
Думаю, что Кобаяси не болел.