Словом いいえ говорящий опровергает предположение собеседника. Поэтому, если на вопрос в отрицательной форме нужно ответить, опровергнув предположение спрашивающего (т.е. нужно выражить отрицание предположения, выраженного в отрицательной форме), следует использовать いいえ и ответить в утвердительной форме. Заметим, что в русском в аналогичных примерах ответ будет начинаться со слова «да».
A: マナさんは いませんか。
Мана здесь нет?
B: いいえ、マナさんは います。
Да, Мана здесь. [Неверно, что Мана здесь нет.]
A: 冬休みは みじかく ないですか。
Не слишком ли короткие зимние каникулы?
B: いいえ、冬休みは みじかいです。
Да, зимние каникулы короткие.
A: あさっては 休みでは ありませんか。
Завтра разве не выходной?
B: いいえ、あさっては 休みです。
Да, завтра выходной.