Vておく indica que uno hace algo de antemano para el futuro. Esta estructura también se usa para expresar que uno deja la situación actual como está (sin hacer nada). Por otra parte Vないでおく indica que una acción que se hace normalmente no se ha hecho por alguna razón o intención.
友だちが来るから,へやに花をかざっておきました。
puse/pusimos flores en la habitación porque vienen mis/nuestros amigos. Decoré la habitación con flores y las dejé en la habitación porque vienen mis amigos.
旅行のために、新しいかばんを買っておきました。
(Yo) compré un bolso nuevo para el viaje. Compré un bolso nuevo para prepararme para el viaje.
今晩パーティーがあるから、昼ご飯はあまり食べないでおきましょう。
Habrá una fiesta esta noche, así que no comamos demasiado en el almuerzo.