いいえ indica que el hablante no confirma la afirmación de la otra persona. Por lo tanto, cuando se hace una pregunta negativa y la respuesta es afirmativa se usa いいえ y se construye un enunciado afirmativo.
A: マナさんは いませんか。
¿No está Mana (allí)?
B: いいえ、マナさんは います。
No, Mana está (TL). / Sí, está Mana.
A: 冬休みは みじかく ないですか。
¿No son cortas las vacaciones de invierno?
B: いいえ、冬休みは みじかいです。
No, las vacaciones de invierno son cortas. (TL). - Sí, son cortas.
A: あさっては 休みでは ありませんか。
¿Pasado mañana no es fiesta?
B: いいえ、あさっては 休みです。
No, es fiesta pasado mañana. (TL) / Sí, es fiesta pasado mañana.